H αντιμετώπιση των κύστεων ωοθήκης ποικίλει ανάλογα με την σύστασή τους, το μέγεθός τους, την ηλικία της ασθενούς, τα συνυπάρχοντα προβλήματα υγείας και τις προηγηθείσες χειρουργικές επεμβάσεις.
Είναι ενδεικτικά τα απεικονιστικά ευρήματα για την συμπεριφορά των όγκων αυτών. Τα διαφραγμάτια με παχύ τοίχωμα, το μεγάλο μέγεθος (πάνω των 10 cm) , η προχωρημένη ηλικία της γυναίκας, είναι επιβαρυντικοί για κακοήθεια παράγοντες. Επιπλέον επιβαρυντικοί παράγοντες για κύστη ωοθήκης ειναι η ύπαρξη εκβλαστήσεων ή θηλωμάτων εντός της κύστεως, η ύπαρξη ασκητικού υγρού. Τέλος οι αυξημένοι καρκινικοί δείκτες, η απεικόνιση παθολογικών περιοχικών λεμφαδένων και η ταχεία πρόσληψη σκιαστικού στην κύστη κατά την διενέργεια αξονικής ή μαγνητικής τομογραφίας.
Σε κάθε περίπτωση που υπάρχει έστω και μικρή υποψία για κακοήθεια θα πρέπει να διενεργείται λαπαροτομή και αφαίρεση ολόκληρου του σύστοιχου εξαρτήματος.
Η επέμβαση συνδυάζεται με αμφοτερόπλευρη ωοθηκεκτομή και ολική υστερεκτομή στις γυναίκες που δεν τους απασχολεί η γονιμότητα. Κάθε ασθενής έχει τις ιδιαιτερότητές του τόσο από πλευράς υγείας όσο και ψυχοσύνθεσης αλλά η απόφαση περί του είδους της επέμβασης πρέπει να βασίζεται στις οδηγίες και στους επιστημονικούς κανόνες.
Σε ασθενείς με χαμηλό κίνδυνο για κακοήθεια προτιμάται η λαπαροσκοπική αφαίρεση της κύστεως μέσα σε ειδικούς ενδοπεριτοναϊκούς σάκους. Έτσι ώστε να μην υπάρχει επαφή του περιεχομένου της με τα άλλα όργανα της κοιλίας. Ακόμη και στις σπάνιες περιπτώσεις των εξαιρέσεων που υπάρχουν καρκινικά κύτταρα να μην υπάρχει επίπτωση στην εξέλιξη της υγείας και στην επιλογή της περαιτέρω θεραπείας της ασθενούς. Χρυσός κανόνας μας είναι η απόλυτη ασφάλεια και το συμφέρον της ασθενούς.